A Natureza de Cozumel é vasta e variada, destacando-se de forma significativa a fauna marinha e a vegetação. Destacam-se também a fauna terreste e as aves deste pequeno paraíso das Caraíbas.

Em Cozumel, no que se refere à sua flora, devemos destacar espécies como o mapache enano, o pizote e a lagartixa. No entanto, devemos sobretudo destacar a existência de espaços protegidos como o Parque Nacional de Chankanaab, ou o Parque Nacional dos Recifes de Cozumel, protegido desde 1996.

A flora e a fauna deste paraíso caribenho são muito especiais, com uma flora e fauna muito semelhante às que podemos encontrar noutros pontos das Caraíbas, como os pântanos nas zonas húmidas, cedros e ébanos nas partes terrestres, que constituem a paisagem deste lugar, onde também se destacam os plátanos, as laranjeiras, a cana de açucar, etc...

Acerca da sua fauna, podemos dizer que é ainda mais variada, como texugos, javalis e doninhas... Em Cozumel, não existem espécies felinas selvagens, embora possamos encontrar serpentes, mas não venenosas. As espécies mais perigosas podemos encontrá-las nas zonas pantanosas, com espécies como o crocodilo.

Nesta ilha, devemos ainda destacar uma vasta variedade de aves, um verdadeiro símbolo de Cozumel: garças, tordos, palomas, pombos, flamingos....

Nos meses de Verão, é possível observar-se um incrível espectáculo, com as tartarugas que chegam as estas praias para desovar.