Cozumel, durante a época pré- hispânica, era um importante santuário maia, concretamente era um santuário dedicado a Ixchel, a deusa da fertilidade do povo maia. Cozumel pertencia à regiao de Escab, e a sua importância estabeleceu-se no seu templo maia, motivo pelo qual era um incessante ir e vir de peregrinos que vinham até aqui pedir à deusa Ixchel.

Em 1518 os espanhois, comandados por Juan de Grijalva chegaram à ilha e nela começou o denominado período hispânico. Até esse momento, Cozumel estava a viver o seu período de esplendor e o seu máximo apogeu.

Despois da chegada dos espanhois, já no século XVI, a ilha cresceu de populaçao, fruto em muito casos de casamentos mestiços entre espanhois e indígenas, se bem que os mais nunca deixaram de se defender contra esta invasao.Cozumel também sofreu outro tipo de invasoes, uma ilha nas Caraíbas, como nao podia ser de outra maneira, serviu de refugio a piratas durante os séculos XVI, XVII e XVIII. Nao é em vao, que se diz que o famoso pirata inglês Henry Morgan encondeu-se nesta ilha muitas vezes.

Actualmente, a Ilha de Cozumel é a terceira ilha em extensao do México, depois da Ilha Tubarao, ou a Ilha Anjo da Guarda, na regiao da Baixa Califórnia.

Da história recente de Cozumel devemos destacar um desastre natural que danificou seriamente a ilha, o Furacao Wilma, que passou pela ilha com efeitos devastadores em 2005, arrancando árvores, criando danos na fauna e flora pelo efeito da água do mar que entrou na terra, danos que foram amplamente resolvidos em tempo recorde, já que a ilha vive fora tudo o que foi pesadamente danificado.