Cozumel, durante la época prehispánica, era un importante santuario maya, en concreto un santuario dedicado a Ixchel, la diosa de la fertilidad del pueblo maya. Cozumel pertenecía a la región de Ecab, y su importancia radicaba en su templo maya, motivo por el cual era un incesante ir y venir de peregrinos los que hasta aquí venían a pedir a la diosa Ixchel.

En 1518 los españoles, comandados por Juan de Grijalva llegaron a la isla y en ella comenzó el denominado periodo hispánico. Hasta ese momento, Cozumel estaba viviendo su máximo periodo de esplendor y su máximo apogeo.

Tras la llegada de los españoles, ya en el Siglo XVI, la isla creció en población, fruto en muchos casos de matrimonios mestizos entre españoles e indígenas, si bien los mayas nunca dejaron de defenderse ante esta invasión. También Cozumel sufrió otro tipo de invasiones, una isla en el Caribe, como no puede ser de otra forma, sirvió de refugio a piratas durante los siglos XVI, XVII y XVIII sobretodo. No en vano, se dice que el famoso pirata inglés Henry Morgan se escondió en esta isla muchas veces.

Actualmente, Isla de Cozumel es la tercera isla en extensión de México, después de Isla Tiburón, o la isla Ángel de la Guarda, en la región de Baja California.

De la historia reciente de Cozumel debemos destacar un desastre natural que dañó seriamente la isla, el Huracán Wilma, que pasó por la isla con efectos devastadores en 2005, arrancando árboles, creando cuantiosos daños en la fauna y en la flora por el efecto del agua del mar que entró en la tierra, unos daños que fueron solventados en gran medida en tiempo record, ya que la Isla vive de todo aquello que quedó fuertemente dañado.